nagasaki, 1633: l`indomito padre gesuita cristovao ferreira, che da anni si batte in giappone per diffondere il cristianesimo, ha rinnegato la vera fede ed e` diventato un apostata: questa e` la notizia sconvolgente che giunge a roma. la compagnia del gesu` decide allora di inviare in oriente due giovani fratelli, sebastian rodrigues e francisco garrpe per compiere un`indagine all`interno della chiesa locale. i due gesuiti pero`, partiti pieni di ideali e di entusiasmo, si scontrano ben presto con la dura realta` del giappone dei tokugawa e delle persecuzioni. i sospetti cristiani vengono costretti dalle autorita` giapponesi a calpestare immagini sacre: chi si rifiuta viene torturato e ucciso, mentre chi accetta viene deriso e costretto a vivere ai margini della societa`, rifiutato tanto dalla comunita` cristiana quanto dai giapponesi. la vita in giappone si fa sempre piu` difficile per rodrigues che ora vive in prima persona le persecuzioni e che finisce, evangelicamente, per essere tradito dall`amico kichijiro, il suo "giuda", mentre implora dio di rompere il suo "silenzio".